AbstractsComputer Science

Developing computational approach to predict coincidence of structural and primary signatures in mRNAs

by Yang Zhang




Institution: McGill University
Department: School of Computer Science
Degree: MS
Year: 2015
Keywords: Applied Sciences - Computer Science
Record ID: 2058471
Full text PDF: http://digitool.library.mcgill.ca/thesisfile130440.pdf


Abstract

RNA binding proteins (RBPs) are known to interact with cis-regulatory motifspresent in the mRNAs to perform biological functions. However, little is knownfor the RBP binding sites. Therefore, the prediction of RBP binding sites fromsequence only is crucial to RNA functions. It is composed of three factors: structuralproperties prediction, primary motif search and evolutionary information. In thisthesis, we introduce our approach, which considers structural properties, primarymotif and evolutionary conservation information at the same time. Les protéines de liaison aux ARNs (RNA Binding Proteins ; RBPs) sont connuespour interagir avec des motifs cis-régulateurs présents dans les ARNm pouraccomplir des fonctions biologiques. Cependant, peu est connu sur les sites de liaisondes RBPs. Par conséquent, la prédiction des sites des RBPs à partir de leurséquence est indispensable pour la fonction des ARNs. La prédiction se base sur troisfacteurs : la prédiction de propriétés structurales, la recherche de motifs primaireset l'information évolutive. Dans cette thèse, nous présentons notre approche, quiconsidère les propriétés structurales, les motifs primaires ainsi que l'information surla conservation évolutive, le tout en même temps.