Abstracts Category : Other

Ribosome-targeting antibiotics and mechanisms of antibiotic resistance

by lar Allas

Valgusntees vib olla reguleeritud polpeptiidahela poolt, mida ribosoom parajasti snteesib. Teatud peptiidide transleerimine phjustab ribosoomi seiskumist, mis omakorda takistab allavoolu paiknevate geenide ekspresseerumist. Teatud juhtudel vajatakse seisaku toimumiseks vikese ligandmolekuli (antibiootikum, aminohape vms) juuresolekut. Tuntakse mitmeid ribosoomi seisakut phjustavaid peptiide, kuid nende vrdlemisel pole leitud htset konsensusjrjestust. Samas vib oletada, et reeglite tuvastamine on vimalik, kui analsida suuremat hulka peptiide. Seetttu ttasime vlja selektsioonimeetodi ribosoomi peatavate peptiide leidmiseks. Oma meetodit kasutades identifitseerisime jrjestused, mis peatasid translatsiooni ertromtsiini, troleandomtsiini, klooramfenikooli, meta-toluaadi vi homoseriinlaktooni juuresolekul. Need jrjestused olid aktiivsed peptiidi tasemel. Me ei tuvastanud peptiidide aminohappeliste jrjestuste vrdlemisel universaalset konsensusjrjestust. Siiski mrkasime teatud seadusprasusi. Niteks selgus, et ertromtsiini juuresolekul toimuv ribosoomi seiskumine vajab eelistatult hdrofoobset kasvavat peptiidi. On vimalik, et ribosoomi peatumist phjustavate jrjestusmotiivide leidmiseks tuleb analsida suuremat peptiidide valimit. Samuti avastasime, et seisakut phjustavate peptiidide funktsionaalsus vib olla mjutatud vastava mRNA omaduste poolt. Meie meetod vib olla rakendatav biotehnoloogias. Teoreetiliselt viks ribosoomi peatumist phjustavaid peptiide kasutada selleks, et luua uudseid geeniekspressiooni ssteeme, milles regulatsioon toimub translatsiooni tasemel.Vitekirja teine publikatsioon kirjeldab antibiootikumiresistentsuse mehhanismi, mis toimub ribsoomi kaitsevalkude vahendusel ja tagab resistentsuse tetratskliinile. T aluseks oli ribosoomi ja kaitsevalgu Tet(O) kompleksi atomaarne mudel. Struktuuriuuringud nitasid, et Tet(O) interakteerub nii vikese kui suure ribosoomi alahikuga. Me tegime asendus- ja deletsioonimutatsioone Tet(O) domn IV lingudesse 465, 438 ja 507, mis mudeli kohaselt interakteeruvad otseselt tetratskliini seondumiskohaga vi asuvad selle lhedal. Mutantsete ja metsik-tpi Tet(O) variantide anals nitas, et kik kolm lingu on Tet(O) tks hdavajalikud. Asendusmutatsioonid lingudes vhendasid Tet(O) aktiivsust ja deletsioonid kaotasid aktiivsuse tielikult. Struktuursete uuringute ja mutatsioonanalsi tulemusi krvutades pakkusime vlja mudeli Tet(O) vahendusel toimuva tetratskliiniresistentsuse mehhanismi selgitamiseks. Meie arvates muudab Tet(O) ling 465 tetratskliini seondumiskoha juures 16S rRNA struktuuri. See nrgendab interaktsiooni tetratskliini molekuli ja 16S rRNA vahel ning vimaldab lingul 507 ravim ribosoomilt eemale tugata. Me oletasime, et ling 438 koos 16S rRNA nukleotiididega moodustab kanali, mille kaudu tetratskliin ribosoomilt lahkub.Vitekirja kolmas publikatsioon puudutab probleeme, mis on seotud uute turule ilmuvate antibiootikumidega. Nende hulgas leidub ravimeid, mille toimemehhanism pole veel tiestiAdvisors/Committee Members: Tenson, Tanel, juhendaja (advisor).