Abstracts Category : Other

Mobile genetic elements causing plasticity in E. faecium

by Audun Sivertsen

I helseinstitusjoner vancomycin-resistente enterokokker en fryktet bakterie som kan lage alvorlig infeksjonssykdom i pasienter med drlig immunforsvar, og er vanskelig behandle. Avhandlingen fokuserer p vancomycin-resistente enterokokker (VRE), og hvordan disse bakteriene gjennom overfre gener mellom hverandre kan utvikle resistens mot antibiotika. Vi har analysert to utbrudd av VRE i Sverige og i Norge, og har funnet at VRE kan vre p vei til bli et mer vanlig patogen i skandinaviske sykehus. Dagens diagnostiske verkty er ikke i stand til fange opp alle typer VRE. Dette har konsekvenser for bde diagnostikk, resistensovervkning og risiko for feilbehandling av svrt syke pasienter. Nye gensekvenseringsteknologier kan forbedre denne type diagnostikk ved kunne se p genotypen i tillegg, noe som er viktig da vancomycinresistensgener kan vre tilstede i bakterien uten at bakterien har fenotype for dette. I begge utbruddene var diagnostikken utilfredsstillende, da bakterien kunne bli tolket som flsom. I det ene utbruddet utviklet VRE resistens under behandling p grunn av for eksempel mobile genetiske elementer kalt IS-elementer hoppet rundt i vancomycinresistensgenene og pvirket uttrykket deres. Resultater fra doktorgraden har allerede frt til en endring i rdgiving p diagnostikk av VRE hos svrt syke pasienter. Vi har ogs funnet at mobile genetiske elementer (MGE), DNA-et som flytter seg mellom bakterier, har en stor evne til rekombinere seg og danne varianter med ulikt geninnhold. Inntil n har strukturen p disse elementene vrt vanskelig rekonstruere. Dermed har betydningen av MGEer for bakterienes resistenspotensiale vrt vanskelig vurdere. Man kan observere at disse elementene oppfrer seg som Babushka-dukker ved koble seg p hverandre. Skalte long-read sekvenseringsmetoder er i stand til rekonstruere strukturen p slike elementer, og det at de kun har vrt kommersielt tilgjengelige de siste 3-4 r gjr at der fortsatt er mye lre om mobile genetiske elementer og deres innvirkning p resistensutvikingen av bakterier.Advisors/Committee Members: Hegstad, Kristin (advisor).